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XXIIe siècle. L'humanité a colonisé la planète Mars ainsi que des satellites de Jupiter. La découverte sur Callisto d'un précieux minerai, le Metatron, a été le fondement de ce développement spatial. Cette expansion s'est accompagnée du développement des LEV (« Laborious Extra-orbital Vehicle »), des mechas utilisés à des fins industrielles ou militaires.

Avec le temps, le pouvoir terrien impose des lois de plus en plus...

Six ans après les évènements de Zone of the Enders. Dingo Egrett, un ancien membre de BAHRAM devenu mineur de glace sur Callisto, découvre par hasard le Jehuty. À peine commence-t-il à s'interroger sur cette découverte qu'il est attaqué par l'armée de BAHRAM, qui convoitent l'Orbital Frame. Devant l'urgence de la situation, Dingo n'a d'autre choix que de prendre place à bord du Jehuty et de confronter ses assaillants.