Assassin's Creed 2

En 2012, Desmond Miles, un jeune Américain, est retenu prisonnier par une entreprise pharmaceutique du nom d'Abstergo. Cette société est en réalité une façade couvrant les Templiers, les ennemis jurés des Assassins, ancêtres de Desmond. En effet, depuis la troisième croisade et peut-être même avant, ces deux ordres se livrent une guerre qui n'a jamais cessé. Warren Vidic et Lucy Stillman, deux scientifiques travaillant pour Abstergo, utilisent une machine appelée «Animus» pour explorer la mémoire génétique de Desmond, c'est-à-dire la mémoire de son ancêtre Altaïr qui vivait en Terre sainte durant le XIIe siècle. L'objectif des Templiers est de trouver un artefact fait par « Ceux-qui-étaient-là-avant », une sphère appelée « la pomme d'Éden ». Cet objet permet de créer des illusions et de contrôler les esprits humains. Ils, ou plutôt Altaïr, finit par le retrouver. L'artefact révèle une carte holographique montrant les emplacements d'autres pièces, ce qui devait être l'objectif réel de la société. Entre ses sessions, Desmond parle avec Lucy qui se trouve être amicale envers Desmond. La « vision d'aigle », capacité de son ancêtre qu'acquiert Desmond à la fin du premier jeu lui révèle que Lucy est en effet une alliée, mais aussi des indices écrits en sang laissés par le sujet 16, un «patient» qui a précédé Desmond dans le projet Animus.